Basilisk é baseado no mangá de Masaki Segawa e publicado pela editora Kodansha, sendo a adaptação para o anime feita pelo estúdio Gonzo, sob a direção de Fumitomo Kizaki. Com tão poucas produções com temáticas voltada para o universo ninja, Basilisk - Kouga Ninpou Chou, trouxe um enredo sério, cheio de ação, um pouco de romance e personagens bem distintos.

A história se passa no Japão de 1614 sob o governo de Ieyasu Tokugawa próximo do novo xogun. Os dois herdeiros de Ieyasu estavam disputando quem seria o sucessor e isso estaria comprometendo toda a estrutura da nova dinastia. Para evitar que isso acontecesse, dois dos maiores clãs de ninjas da região - Clã do Vale de Kouga Manji e Clã Secreto Tsuba Iga - escolheram 10 ninjas cada um para uma batalha. Cada clã estaria representando um sucessor e, aquele que vencesse, decidiria o novo sucessor. Com isso, Ieyasu Tokugawa evitaria de perder soldados e usaria os clãs como peças em um tabuleiro de xadrez.

Ambos os clãs possuem rivalidade a mais de 400 anos e, algumas décadas antes, Hatori Hanzo - líder dos clãs ninjas da região - decretou um tratado de paz entre os dois clãs, evitando assim que mais guerra e ódio fossem gerados. Com a proposta de Ieyasu, o tratado foi quebrado e ambos os grupos aceitaram prontamente em guerrear entre si, independente se envolveria o orgulho e honra do xogun.

Intrigas, rivalidades, emboscadas, tudo isso povoa o universo de Basilisk. Os dois clãs irão guerrear e, cada ninja com a sua habilidade, irá lutar até o fim, pela honra e orgulho de seu próprio clã. O anime não possui nada de real se pensarmos nas batalhas, pois as técnicas pessoais de cada um envolve magias, feitiços e coisas do gênero, portanto, se você espera lutas reais com espadas e corpo-a-orpo, irá encontrar, mas com muito mais do que isso. Apesar de possuir alguns clichês básicos (como um romance do tipo Romeu e Julieta), a história não chega a ser previsível e o interessante é que, no decorrer da história, será apresentado o contexto de vários personagens como o seu passado, traumas, sonhos e vivência, demonstrando que acima de tudo, eles são pessoas que já possuíram vidas normais.